免稅商品特許經(jīng)營費，其實是一種政府收入，專門針對免稅店收取，只有取得特許經(jīng)營資格、能在機場、港口、車站、邊境口岸等海關(guān)監(jiān)管區(qū)域經(jīng)營免稅商品的企業(yè)才需要繳納這筆費用，免稅商品一般包括兩類一類是免征關(guān)稅、進口環(huán)節(jié)稅的進口商品，另一類是實行退稅進入免稅店銷售的國產(chǎn)商品。
這項制度最早可以追溯到2004年，當時財政部發(fā)布了文件，明確從2005年起對免稅商品經(jīng)營企業(yè)征收特許經(jīng)營費，按年銷售收入的1%計算，后來隨著政策的發(fā)展，2006年財政部又發(fā)布了補充通知，對征收方式進行了細化。
到了2011年，海南建設(shè)國際旅游島為了支持離島免稅政策，財政部等部門又出臺新規(guī)，要求離島免稅店按年銷售收入的4%上繳特許經(jīng)營費。
2018年，免稅商品特許經(jīng)營費由原來的財政部門管理，正式劃歸到稅務(wù)部門征收，這也是國家財政管理體系改革中的一部分。
中國免稅品（集團）總公司、中國中旅集團、深圳國有免稅公司、珠海免稅企業(yè)集團、上海浦東機場免稅店、海南離島免稅購物商店等，除此之外還有一些在出境航班、國際列車或輪船上銷售免稅商品的企業(yè)也需要繳納特許經(jīng)營費。
只要涉及向出境旅客、駐華外交人員、國際海員等人群銷售免稅商品的，都屬于繳費主體。
企業(yè)每年結(jié)束后，需要在5個月內(nèi)完成繳費申報，繳納的基準是企業(yè)當年的免稅商品銷售收入，按照規(guī)定比例計算應(yīng)繳金額。繳費時，企業(yè)要以注冊會計師的審計報告為依據(jù)，清算當年應(yīng)交金額，然后通過電子稅務(wù)局或辦稅服務(wù)廳，用《非稅收入通用申報表》完成上繳。
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