以下可能出現(xiàn)的案例
企業(yè)的設備丟失或者被盜，導致開具的信息沒有上傳。
企業(yè)被認定為非正常戶，出現(xiàn)了沒有申報或沒有按時繳稅的情況。
系統(tǒng)在比對時發(fā)現(xiàn)憑證有缺失、作廢或比對不符。
稅務部門通過大數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)存在虛假業(yè)務的嫌疑。
企業(yè)經(jīng)營過程中出現(xiàn)嚴重與業(yè)務不符的情況，例如商貿(mào)公司進銷品類嚴重背離、生產(chǎn)企業(yè)沒有實際生產(chǎn)能力卻開具業(yè)務憑證，如果某家公司失去聯(lián)系，既不申報也不上繳稅款，那在這期間產(chǎn)生的憑證也會被列入異常范圍。
如果企業(yè)還沒有用它去抵扣進項稅額，那就暫時不能抵扣，如果已經(jīng)用來抵扣了，就需要把已經(jīng)抵扣的部分轉出，相當于還回去。
對于出口業(yè)務，如果憑證被列為異常，那么暫時也不能申請退稅，如果已經(jīng)辦理了退稅，就需要按照規(guī)定把相關金額沖減或者追回。
消費稅方面，如果企業(yè)用已稅商品作為原料再生產(chǎn)，還沒有扣除的，就不能再抵扣，已經(jīng)抵扣的，需要沖減或者補繳。
企業(yè)如果認為存在問題，可以向主管稅務機關提出核實申請，稅務部門會根據(jù)實際情況進行核實，如果符合抵扣或者退稅的條件，那企業(yè)就可以繼續(xù)使用這張憑證。如果已經(jīng)繳納了相關消費稅，也可以重新申請扣除，這一點對企業(yè)來說很重要，因為有些情況只是數(shù)據(jù)問題，經(jīng)過核實后就能恢復正常。
稅務部門會發(fā)通知告知企業(yè)哪些憑證被認定為異常，如果企業(yè)的信用等級不是A級，就需要在當期申報時把相關金額填入“異常憑證轉出進項稅額”的欄次，如果企業(yè)是A級，可以在接到通知后的10個工作日內(nèi)提出核實申請，在核實結果出來之前，可以暫時不用轉出，只有在逾期沒有提出申請，或者經(jīng)核實確認確實不能抵扣時，才需要轉出。
如果憑證后來被稅務機關解除異常，那么企業(yè)就可以繼續(xù)使用它抵扣。
企業(yè)需要先通過系統(tǒng)再次勾選，然后在申報時，把之前轉出的金額以負數(shù)的形式填入“異常憑證轉出進項稅額”欄次，等于把之前轉出的金額再補回來。
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